De raad kan werkgroepen oprichten, wanneer hij dit nodig acht. Hij bepaalt voor elke werkgroep de wijze van samenstelling en stelt de leden en de voorzitter aan.
Momenteel zijn er geen werkgroepen actief.
De werkzaamheden van de volgende werkgroepen werden inmiddels afgerond. Ze resulteerden telkens in een advies of studiereeks.
- Werkgroep Europese Samenwerking --> VRWI-advies 141 'Voor een Vlaams standpunt EU KP8'.
- Stuurgroep Humane en Sociale Wetenschappen --> VRWI-studiereeks 22 'Naar waarde geschat. Valorisatie van onderzoek in de humane en sociale wetenschappen
- Werkgroep Wetenschappelijk en technische knelpuntrichtingen --> VRWI-advies 155 'Naar een integraal beleid voor wetenschappelijke technische knelpuntrichtingen'