Om de werkzaamheden van de raad voor te bereiden en om bijzondere vraagstukken te onderzoeken worden twee permanente commissies en een permanente expertengroep ingesteld: de Commissie Innovatiebeleid (CIB), de Commissie Wetenschapsbeleid (CWB) en de Expertengroep Indicatoren en Begroting (EGIB).
De raad bepaalt voor elke commissie de wijze van samenstelling en stelt de commissieleden, de voorzitter en ondervoorzitter aan, alsook voor elk commissielid maximaal één vaste plaatsvervanger. De voorzitters en ondervoorzitters zijn raadsleden. Zij worden door de raad gekozen onder de leden van het dagelijks bestuur
